农村饮水安全工程应由各级水务局（水利局）承担主要管理责任。
水务局是政府的水行政主管部门，主要负责水利工程建设管理，防汛抗旱，水资源管理等，负责统一管理市、县水资源（包括地表水、地下水、再生水、外调水）；会同有关部门拟订水资源中长期和年度供求计划，并监督实施；组织实施水资源论证制度和取水许可制度，发布水资源公报；指导饮用水水源保护和农民安全饮水和水文管理工作。
一些省份的地方行政法规就明确规定了县级人民政府是农村饮水安全的责任主体，对农村饮水安全保障工作负总责，负责农村饮水安全工程的行业管理和业务指导。
因此农村饮水安全工程一般归当地水务部门（水务局）主管。
